Dysponując dużymi funduszami przekazywanymi przez rząd, starała się wykupić ziemię od polskiej szlachty i chłopów, a następnie osadzić na niej przybyszów z Cesarstwa Niemieckiego. Miała służyć zakładaniu nowych wsi niemieckich w Wielkopolsce oraz na Pomorzu Gdańskim, a więc i wypieraniu Polaków tam mieszkających. Mimo ogromnych pieniędzy łożonych na ten cel przez Niemców, nie odniosła sukcesu, gdyż mieszkańcy Cesarstwa Niemieckiego niezbyt chętnie przeprowadzali się na wschód (ostatecznie osiedlono około 22 tysiące rodzin). Widząc małą skuteczność działania Komisji Kolonizacyjnej, wprowadzono w 1908 roku nakaz wykupywania ziemi od Polaków. Protesty Niemców jednak w znaczny sposób ograniczyły taką politykę. Polacy sprzeciwiali się takiej polityce, tworząc spółki parcelacyjne, oraz poprzez zaangażowanie kółek rolniczych pod patronatem Maksymiliana Jackowskiego.

Mimo że przez 30 lat działalności komisja nie zrealizowała zakładanych celów, a Polacy cały czas stanowili w Wielkopolsce zdecydowaną większość ludności, zdołała wykupić ponad 8% całej ziemi Wielkopolski i Pomorza. W ramach akcji kolonizacyjnej osadziła do roku 1906 na ziemiach Wielkopolski i Pomorza około 12 tysięcy niemieckich rodzin osadniczych, szacując osiągnięty w ten sposób wzrost ludności niemieckiej na 135-150 tysięcy osób. Do roku 1918 liczba rodzin osadniczych wzrosła z 12 tysięcy do 20 tysięcy.