Dzimis Kokneses novadā, miris Rīgā.    Borisa Pugo tēvs.

1. Pasaules kara laikā Kārlis Pugo bija dienējis latviešu strēlniekos.

Boļševiku partijas biedrs kopš 1919.g.

1918-19.g. kopā ar sievu iesaistījies Krievijā izveidotās Stučkas sarkanās marionešu valdības darbā.

Pēc Stučkas valdības likvidācijas Pugo dzīvoklis kļuva par Kominternes Latvijas nodaļas pagrīdes sanākšanu vietu.

1924.g. Latvijas policija uzzināja par komunistu "midzeni" un Pugo kopā ar sievu bēga uz PSRS.

PSRS Pugo beidza NKVD skolu un kļuva tajā par pasniedzēju.

20. gadsimta 30- tajos gados strādājis partijas amatos un valsts drošības institūcijās. Spējis izvairīties no pret latviešiem vērstā genocīda, izmantojot pazīšanos ar PSKP CK aparāta darbiniekiem.

 1940. gadā pēc Latvijas okupācijas atgriezies Latvijā, kļuvis par  partijas Rīgas komitejas propagandas daļas vadītāju.

1940. gada augustā tika apstiprināts "Latvijas Tautas armijas" pārkomplektēšanas plāns, armijas reorganizācija, demobilizācija un atbruņošana notika Latvijas armijas likvidēšanas komisijas vadībā, kuras darbību noteica Sarkanās armijas vadība un LK(b)P CK pārstāvis Kārlis Pugo.

1941.gadā 2. Pasaules kara otrajā fāzē (pēc Vācijas iebrukuma PSRS) bēdzis uz PSRS.

Pēc kara atjaunots Rīgas kompartijas sekretāra amatā, Latvijas Komunistiskās partijas Centrālās Komitejas loceklis, Republikāniskās partijas skolas direktors. 

No 1949.g. ieņēmis Latvijas Universitātes prorektora vietu.