Komponists Jānis Kalniņš dzimis 1904.gada 3.novembrī Pērnavā, Igaunijā, Alfrēda Kalniņa ģimenē.

Trīs reizes precējies. Pirmā sieva (1927–1936) dejotāja un aktrise Zaiga (Lepne, Kalniņa), otrā sieva (1940 –1946) baletdejotāja Edīte Pfeifere (Kalniņa, Frandsena), trešā sieva, ar kuru nodzīvoja saskanīgā laulībā (1948–1991) - baltvāciete šuvēja Hermīne (Inše, Vilka, Upīte, Šmita, Kalniņa) – rakstnieka Andreja Upīša mazdēla Aivara Upīša māte.

No 1911. līdz 1915.gadam un 1918./1919.g. kopā ar tēva ģimeni dzīvoja Liepājā. Mācījies Nikolaja ģimnāzijā un pie sava tēva apguva klavieru un ērģeļu spēli. Ap 1918.gadu tēva vadībā Liepājas Sv. Annas baznīcā pirmo reizi spēlēja ērģeles, 1919.gadā Annas baznīcas bērnu dievkalpojumos sāka atvietot pie ērģelēm tēvu.Tad studēja Latvijas Konservatorijā Jāzepa Vītola Kompozīcijas un mūzikas teorijas klasē (1920–1924), nebeidza. Mācījies divus gadus Pāvula Jurjāna daiļdziedāšanas klasē. Nacionālā teātra muzikālās daļas vadītājs (1923–1933), Latvijas Nacionālās operas diriģents (1933–1944).

30.gados Liepājas filharmonijā kā viesdiriģents vadījis vasaras koncertus un Liepājas operā diriģējis "Ugunī", "Toska" un citu operu uzvedumus. Saviem tuviniekiem viņš 25.06.1938 raksta: "Cīnos Liepājā ar koncertiem, kuru skaits drīz pārsniegs duci. Direkcija ļoti laimīga. Visi pārsteigti, ka manus koncertus apmeklē daudz žīdu un arī vāciešu. Dodu saturīgas un vērtīgas programmas. Ar tingel–tangeļiem nekrāmējos. Kungi naudu nežēlo, maksāšot arī ceļa izdevumus, lai tik es paliekot."

1936.gadā par izcilību mākslā  apbalvots  ar Triju Zvaigžņu ordeni, 1937.gadā ar Zviedrijas Gustava Vazas ordeni. 1944.gadā nokļuva Vācijā, 1948.gadā izceļoja uz Kanādu, kur līdz 1990.gadam turpināja mūziķa karjeru kā ērģelnieks, Frederiktonas skolotāju koledžas mūzikas profesors un simfoniskā orķestra diriģents. 1981 gadā Mount Allison universitāte piešķīra Goda doktora grādu.

Komponējis 3 operas, 2 baleta viencēlienus, teātra mūziku, 4 simfonijas un daudzus citus skaņdarbus, pavisam ap trīssimt kompozīciju.. Bijis jokdaris un laba humora cienītājs. Tas ļāva viņam nodzīvot izcili ilgu mūžu.

Miris 2000.gada 23.novembrī Fredriktonā, Kanādā. Urna apbedīta Rīgā, 1.Meža kapos 2001.gada vasarā līdzās tēvam un mātei.