Marģeris Gūtmanis dzimis 1885. gada 26. decembrī Mores pagastā Rīgas apriņķī.

1904. gadā beidzis Pleskavas ģimnāziju.

1914. gadā absolvējis Katrīnas II Kalnu institūtu Pēterburgā ar 1. šķiras diplomu.

No 1914. līdz 1915. gadam strādājis par inženieri akciju sabiedrībā Vossidlo un Co, bet no 1915. līdz 1917. gadam par inženieri Krievijas armijā.

1917. gadā veicis ģeoloģiskus un petrogrāfiskus pētījumus Mingrebijas kņaza īpašumos Kaukāzā.

No 1918. līdz 1919. gadam strādājis par alvas raktuvju pārvaldnieku Aizbaikālā Olovjannajā, bet 1919. gadā veicis ģeoloģiskus pētījumus Mandžūrijā.

1920. gadā viņš brīvprātīgi iestājās Tālo Austrumu Latvijas karaspēkā par kareivi un kopā ar pulku no Vladivostokas ar kuģi atgriezās Latvijā.

1920. gada 1. novembrī M. Gūtmani ievēlēja Latvijas Universitātes Ķīmijas fakultātes Petroloģijas institūtā par asistentu un 1924. gadā par vecāko asistentu, bet 1926. gada 5. martā Matemātikas un dabaszinātņu fakultātes Ģeoloģijas un paleontoloģijas institūtā par privātdocentu. Ķīmijas fakultātē viņš vadīja praktiskos darbus mineraloģijā un petrogrāfijā, bet Dabaszinātņu nodaļā lasīja lekcijas un vadīja seminārus par vulkānismu, derīgajiem izrakteņiem un Zemes klēpja (dzīļu) bagātībām.

1922. gadā M. Gūtmanis ar kultūras fonda atbalstu veica ģeoloģiskus pētījumus Tatru un Karpatu kalnos un Silēzijā Vācijā.

1927. gadā vasaras brīvlaikā pētīja brūnogles un degakmeņus Štutgartes un Leipcigas tuvumā Vācijā.

Viņš bija viens no pirmajiem, kas devis vispārīgu pārskatu par Latvijas derīgajiem izrakteņiem un publicējis darbus par Latvijas dzelzsrūdām un Daugavas ielejas ģeoloģiju.

1929. gadā M. Gūtmanis izceļoja uz Argentīnu. No 1929. līdz 1935. gadam darbojās par naftas ģeologu Patagonijas dienvidos Komadora Rivadavijas (Commodoro Rivadavia) un Brazīlijas Bolīvijas pierobežā.

No 1935. gada strādāja Brazīlijas Sanpaulu Agronomiskajā dienestā par petrogrāfu Kompinjasā (Compinas).

1949. gadāviņš publicēja darbu par Paranas baseina tektoniku un 1951. gadā par Sanpaulu pavalstu augsnēm.

1952. gadā viņš veica pētījumus Antiļu salās, sevišķi Martinikā.

Savas dzīves pēdējos divpadsmit gadus blakus tiešajiem darbiem pētīja Brazīlijas perma un karbona perioda nogulumus un konstatēja tajos apledojuma pēdas. Miris 1959. gada 8. jūlijā Brazīlijā ar sirdstrieku.

Par nesaskaņām, kas radās starp profesoru B. Popovu un M. Gūtmani, tuvāk izteikusies abu kolēģe K. Zēberga: “M. Gūtmanis, kas ir beidzis Pēterburgas Kalnu institūtu, saraksta un publicē savu minerālu optisko noteicēju latviešu valodā, starp viņu un B. Popovu izceļas konflikts. B. Popovs pārmet M. Gūtmanim, ka viņš bez atļaujas izmantojis B. Popova datus. M. Gūtmanis bija spiests pamest darbu katedrā.”

M. Gūtmanis bija viens no Latvijas Dabaszinātņu biedrības žurnāla “Daba” aktīviem līdzstrādniekiem, un 1925. gada 8. numurā bija iespiesta viņa publikācija “Minerālu un iežu noteikšana ar mikroskopa palīdzību”. Tā iznāca arī kā atsevišķa burtnīca. Publikācija bija divdesmit vienu A5 formāta lappusi gara, ar 18 attēliem (zīmējumiem), metožu aprakstu, tajā bija atsauce uz B. Popovu kā kāda metodikas elementa ieviesēju. Beigās atrodams ieteikums izmantot četru autoru rokasgrāmatas, tai skaitā arī B. Popova darbu “Optiskais noteicējs iežu vis svarīgākiem minerāliem” (Pēterpils, 1916, atsauce citēta krievu valodā).

Vienā no nākamajiem žurnāla numuriem (1926. gada 3. numurā) sekoja B. Popova publikācija “Pārs vārdu par Gūtmaņa kga rakstu “Minerālu un iežu noteikšana ar mikroskopu””, kurā lasāms: “Gūtmaņa kgs ir ievietojis, bez norādījumiem uz avotu, veselu rindu mineraloptiskās analīzes metožu, kuru autors es esmu un kuras vel nav dabūjušas plašāku izplatīšanos. Protestējot pret tādu sveša zinātniska īpašuma izmantošanu, skaitu sevi piespiestu atjaunot savas autora tiesības [..] Vispāri, Gūtmaņa kga raksts sastādīts pavirši, bez stingri pārdomāta plāna, bez lietas vajadzīgās zināšanas un ļoti neskaidrā formā, satur vēl virkni rupju kļūdu [..]”

Un M. Gūtmaņa “Atbilde prof. B. Popova kgam”: “[..] prof. Popovs apvaino mani nolūkā laupīt autora tiesības. Ja es to gribētu darīt, tad es nebūtu minējis prof. Popova grāmatu, kurā visi minētie izteicieni atrodas. Jāpiezīmē, ka visiem minētiem terminiem nav zinātniska atklājuma nozīmes. Nevienā minerālu noteicējā, kādi parādījušies Vācijā beidzamos desmit gados ļoti daudzi [prof. Popovanoteicējs izdots 1916. gadā], nav pievesti prof. Popova minētie termini [..]”. Profesora norādītās kļūdas M. Gūtmanis rakstā vairāk vai mazāk pamatoti noraida kā B. Popova sliktās valodas zināšanas dēļ radušos pārpratumus. Aiz rakstiem sekoja “Redakcijas piezīme. Polemiku ar šo ieskatam par izbeigtu”.

Tomēr tas nebija viss – žurnāla redakcija M. Gūtmanim pieprasīja paskaidrojumu, kā arī saņēma otru vēstuli no B. Popova, kur norādīts, ka M. Gūtmanis faktiski pārņēmis B. Popova izstrādātās un lietotās metodes, kas gan ir aprakstītas 1916. g. mācību grāmatā, taču šī grāmata Krievijas revolūcijas dēļ nav izplatījusies ne pārdošanā, ne bibliotēkās. Turklāt M. Gūtmaņa raksts lielākoties esot “nemākulīgs atstāstījums no visa tā, ko es stāstu praktiskos darbos Universitātē, atstāstījums izķēmots ar veselu rindu rupju kļūdu, kas cēlušās no nezināšanas un nesaprašanas”.

Šie žurnāla “Daba” redakcijas materiāli saglabājušies LU Ģeoloģijas muzejā. Latvijas ķīmijas vēstures muzeja krājumos ir saglabājusies M. Gūtmaņa grāmata “Minerālu un iežu noteikšana ar mikroskopu”, izdota 1926. gadā, ar februārī datētu autora ierakstu Многоуважаемому проф. Борису Анфировичу Попову (“Ļoti godātajam prof. B. Popovam”). B. Popovs savu optisko noteicēju izdeva latviešu valodā 1928. un 1934. gadā.