Latviešu gleznotājs un ievērojamākais simbolisma pārstāvis Latvijas mākslā. Darbības sākumposmā Pērle strādājis galvenokārt akvareļa tehnikā, gleznojot reālistiskas dabas ainavas. Īpaši daudz gleznojis un zīmējis ziedu kompozīcijas. Dzīves pēdējos gados gleznojis galvenokārt fantastiskas, vizionāras ainavas-vīzijas, visdažādākajās tehnikās. Darbi ir dažādu simbolu pilni. Daļa gleznu ir interpretējamas kā analoģijas ekspresionistu eksaltētajām vīzijām. Komandējuma laikā Kaukāzā plaši sāk izmantot kalnu motīvus.

Dzimis Valkas apriņķa Mēru muižā (tagad Smiltenes novada Bilskas pagastā), kalēja un krodzinieka ģimenē kā Jēkaba un Līzes Pērļu septītais bērns. Dzimtas vārds cēlies no Druvienas Pērles kroga, kur toreiz pērlēm bagātās Tirzas upes malā auga un dzīvoja Rūdolfa vectēvs - kalējs Jānis Pērle. Pērles vecāki garīgu interešu apņemti staigāja no viena novada uz otru un nereti mainīja nodarbību. Šis nemiera gars visu mūžu vadīja arī mākslinieku, kurš nemierīgi strādāja dažādus darbus eksistenci nodrošinot un trauksmes pilns arī zīmēja un gleznoja. Pēc Aumeistera draudzes skolas beigšanas 1892. gadā sāka mācīties par daiļdārznieku Kārļa muižā pie Cēsīm. 1897. gadā uzsāka studijas Štiglica Centrālajā tehniskās zīmēšanas skolā Sanktpēterburgā. Pēc skolas beigšanas palika Pēterburgā un strādāja kā zīmētājs, vēlāk gaisa balonu nodaļas vecākais meistars gumijas izstrādājumu fabrikā Треугольник. Uzlaboja balonu gumijas drānas saspiešanas tehnoloģiju.

Līdztekus darbojās latviešu mākslinieku apvienībā Rūķis, satīriskajā žurnālā Svari un piedalījās mākslas izstādēs Pēterburgā, Rīgā un Maskavā. No 1908. līdz 1915. gadam piedalījās Krievu akvarelistu biedrības izstādēs. Pēc 1911. gada Rūdolfs Pērle ietekmējies no Mikaloja Konstantīna Čurļoņa gleznošanas stila.

Pirmā pasaules kara laikā strādāja Karsas militāro gaisa balonu fabrikā Kaukāza frontē, kur nodarbojās arī pie kara raķešu tehnoloģiju uzlabošanas. Viņa izgudrojumi patentēti 1916. gada 22. jūnijā.

Miris 1917. gada 30. jūnijā Petrogradā no apendicīta komplikācijām. 1921. gadā pārapbedīts Zvārtavas pagasta Aumeisteru kapos, kur 1924. gadā viņam atklāts B. Dzeņa veidots piemineklis. 1928. gadā iznāca J. Šiliņa uzrakstīta Rūdolfa Pērles monogrāfija.

Brāļi, māsas - Minna Jozuus, Jānis, Marta, Alvīne Zariņa ...