Apolinary Wnukowski (ur. 23 lipca 1848, zm. 4 czerwca 1909 w Petersburgu) – polski duchowny katolicki, arcybiskup mohylewski.

Kształcił się w Kamieńcu Podolskim, Żytomierzu i Petersburgu.

Kapłanem został w 1872 roku. Był profesorem, a następnie rektorem seminarium w Żytomierzu.

Biskup płocki od 20 kwietnia 1904 roku do 29 listopada 1908. Z Płocka przeniesiony został na arcybiskupstwo mohylewskie. Mianowany na stanowisko arcybiskupa mohylewskiego (metropolity wszystkich kościołów katolickich w Rosji) 23 listopada 1908, które to pełnił do 21 maja 1909.

Choć zmarł w Petersburgu, to pochowany został na cmentarzu w Żytomierzu w dniu 11 czerwca 1909 roku.