Powstał w celu prowadzenia wspólnej jednolitej polityki zagranicznej i obronnej państw członkowskich. Już po 1918 roku poczyniono działania dążące do powołania sojuszu państw obejmujących Estonię, Finlandię, Litwę, Łotwę i Polskę, który miał stanowić zaporę przeciwko ewentualnej agresji ZSRR, a w późniejszym okresie również III Rzeszy. W 1923 roku Estonia i Łotwa podpisały bilateralny układ obronny, odnowiony w 1934 roku. W tym samym roku do sojuszu przyłączyła się także Litwa. Działania Ententy Bałtyckiej koordynowane były poprzez spotkania ministrów spraw zagranicznych państw członkowskich, które odbywały się dwa razy w roku. Wyrazem tej współpracy stało się m.in. reprezentowanie trzech państw Bałtyckiej Ententy przez wspólnego delegata na konferencjach międzynarodowych. Wspólne działania rozwijano także na gruncie ekonomicznym i kulturalnym.

W 1938 roku, w dobie niepewnej sytuacji politycznej poprzedzającej wybuch II wojny światowej, państwa Bałtyckiej Ententy ogłosiły neutralność. Sojusz zlikwidowano w 1940 roku po włączeniu tych krajów do radzieckiej strefy wpływów.

Sojusz został odnowiony i rozszerzony w 1990 pod nazwą Rada Bałtycka.