Po 17 września 1939 roku Wilno zostało zajęte przez wojska rosyjskie, a 28 października miasto wraz z uczelnią przejęły władze Republiki Litewskiej. Wprowadzono po raz pierwszy jako oficjalny język wykładowy język litewski, choć z braku własnych kadr pozostawiono na stanowiskach wielu polskich profesorów, którzy prowadzili zajęcia nadal po polsku. 15 grudnia 1939 roku polska uczelnia została zamknięta przez litewskie władze; z uniwersytetu w Kownie przeniesiono Wydział Prawa i Wydział Nauk Humanistycznych, zaś rektorem UW został prof. Mykolas Biržiška. Wydziały Uniwersytetu Stefana Batorego – Prawa i Nauk Społecznych, Medycyny, Humanistyczny i Matematyczno-Przyrodniczy działały w podziemiu. W roku 1943 Uniwersytet Wileński zamknięty przez władze niemieckie, część profesorów aresztowano i zesłano do obozu w Stutthof.