Бутрос Бутрос-Гали родился в коптской семье.

Изучал политологию, экономику и право в Каирском университете и в Парижском университете, где в 1949 получил докторскую степень. В 1977—1991 годах возглавлял египетское внешнеполитическое ведомство.

В 1992 году в первом туре голосования был избран на пост генерального секретаря ООН, сменив на нём Переса де Куэльяра.

В первые месяцы пребывания на посту генерального секретаря Бутрос-Гали предложил концепцию «построения мира» вместо «поддержания мира». Для построения мира необходимо достигнуть согласия всех втянутых в конфликт сторон, даже если данный конфликт является конфликтом внутри суверенного государства, полагал он.

К середине 1993 года Бутрос-Гали посетил 19 стран и провёл инспекцию 13 миротворческих операций. В 1994 году в связи предъявлением натовского ультиматума выступил на встрече представителей НАТО, заявив: «я наделен полномочиями нажать кнопку... относительно воздушной поддержки, но для воздушных ударов необходимо будет решение Совета НАТО».

В 1994 году Бутрос-Гали безуспешно пытался провести решение о военном вмешательстве ООН с целью остановить кровавую гражданскую войну в Руанде. Несмотря на возраставшую непопулярность среди стран-членов ООН, в частности США, в 1996 году Бутрос-Гали объявил о намерении баллотироваться на второй срок, но США наложили на его кандидатуру вето, и новым генеральным секретарём Организации Объединённых Наций был избран дипломат из Ганы — Кофи Аннан.

После выхода на пенсию Бутрос-Гали выступал с резкой критикой некоторых инициатив ООН, в том числе в отношении Ирака.

Является почётным доктором МГИМО. Умер 16 февраля 2016 года.

16 февраля 2016 года на 94-м году жизни экс-генсек скончался.