Эрик Дэвид Харрис родился в Уичито в Канзасе у Уэйна Нельсона Харриса и Кэтрин Энн Пул. У него был старший на три года брат Кевин. Отец был пилотом транспорта Военно-воздушных сил США, мать — домохозяйкой. Из-за профессии Уэйна Харрисы часто переезжали и в июле 1993 Харрисы переехали из Платтсбурга, штат Нью-Йорк, в Литлтон, штат Колорадо, когда Уэйн Харрис ушёл в принудительную отставку из-за сокращений штата.

Здесь в течение первых трех лет Харрисы жили в арендованном помещении. Уэйн тогда устроился на работу в Корпорацию Услуг Безопасности Полётов Энглвуда, а Кэтрин начала работать поставщиком кейтеринга. Старший брат Эрика Кевин пошёл в Колорадский Университет в Боулдере, а сам Эрик пошёл в Среднюю школу «Кен Кэрил», где в седьмом или восьмом классе встретил Дилана Клиболда. В 1996 Харрисы наконец купили за $180,000 дом к югу от Старшей школы «Колумбайн», которую Эрик начал посещать за год до этого. Недалеко от Харрисов жил Брукс Браун, с которым Эрик познакомился в школьном автобусе, и который с первого класса дружил с Диланом Клиболдом.