Утром 18 мая 1944 года началась операция по депортации народов Крыма в Узбекистан и прилегающие районы Казахстана и Таджикистана. Небольшие группы были отправлены в Марийскую АССР, на Урал, в Костромскую область.

Всего из Крыма было выселено 228,543 человека, 191,014 из них — крымские татары (более 47 тыс. семей)  (не считая сражавшихся в действующей армии, которые были отправлены на спецпоселение после демобилизации в 1945 году).  В телеграмме 20.05.1944 НКВД на имя  Сталина указывалось, что выселению подверглось 183,155 человек 

По официальным данным, в дороге погиб 191 человек.

Последний поезд был разгружен 8 июня 1944 года. Бóльшая часть была выселена в Узбекистан (151 136 чел.) и прилегающие районы Казахстана (4286 чел.) и Таджикистана, небольшие группы были отправлены в Марийскую АССР (8597 чел.), на Урал и в Костромскую область.

С каждого третьего взрослого крымского татарина взяли подписку о том, что он ознакомился с постановлением, и что за побег с места спецпоселения грозил срок 20 лет каторжных работ, как за уголовное преступление

Значительное число переселенцев, истощённых после трёх лет жизни в оккупации, погибло в местах высылки от голода и болезней в 1944-45 годах. Оценки числа погибших в этот период сильно разнятся: от 15-25 % по оценкам различных советских официальных органов до 46 % по оценкам активистов крымскотатарского движения, собиравших сведения о погибших в 1960-е годы.

Так, по данным ОСП УзССР только «за 6 месяцев 1944, то есть с момента прибытия в УзССР и до конца года умерло 16 052 чел. (10,6 %)».

В течение 12 лет до 1956 года крымские татары имели статус спецпереселенцев, подразумевавший различные ограничения в правах, в частности запрет на самовольное (без письменного разрешения спецкомендатуры) пересечение границы спецпоселения и уголовное наказание за его нарушение. Известны многочисленные случаи, когда люди приговаривались к многолетним (до 25 лет) срокам лагерей за то, что навещали родственников в соседних посёлках, территория которых относилась к другому спецпоселению.

В отличие от некоторых других депортированных народов, которые вернулись на родину в конце 1950-х годов, крымские татары были лишены этого права формально до1974 года, фактически же — до 1989. Массовое возвращение народа в Крым началось лишь в конце «перестройки» в 1989 году.