В структуру университета входят 9 факультетов (богословский, юридический, медицинский, философский, экономический, математики и информатики, физической культуры, естествознания и технологии, образования и социальных наук) и 5 колледжей (европейский, нарвский, пярнуский и тюриский колледжи, а также академия культуры Вильянди). Число студентов по состоянию на конец 2009 года — более 17 000 (среди них более 600 иностранных студентов). В университете работает 3 200 человек (в том числе 180 профессоров, более 500 научных работников).

Корпуса

Главный корпус Тартуского университета — один из ярчайших образцов классической архитектуры в Эстонии. Здание было построено в 1804—1809 годы по проекту архитектора Иоганна Вильгельма Краузе на месте бывшей Мариинской церкви.

Медицинские клиники

В составе университета действуют обособленные полноценные клиники, входящие в систему здравоохранения города и являющиеся одновременно научно-исследовательскими и образовательными базами медицинского факультета: анестезиологии и интенсивной терапии; гематологии и онкологии; гинекологии и акушерства (женская клиника); дерматологии; кардиологии; невропатологии; отоларингологии; офтальмологии; педиатрии (детская клиника); психиатрии; пульмонологии (легочная клиника); соматических состояний (отделения гастроэнтерологии, эндокринологии, нефрологии, инфекциологии, ревматологии и т. д.); спортивной медицины и реабилитации; стоматологии; переливания крови; хирургии.

Языки преподавания

С момента своего основания в 1632 году до 1710 года официальным языком университета был шведский язык, постепенно оттесняемый немецким в силу преобладания немецких поселенцев в регионе (также известных как прибалтийские немцы), занявших практически все преподавательские и студенческие позиции.

Затем университет прекратил своё существование и в течение почти столетия Остзейский край был лишён высшего учебного заведения. После воцарения императора Павла I в 1798 г. был издан указ, которым воспрещалось отправлять для занятий наукой молодых людей за границу. Было предложено курляндскому, эстляндскому и лифляндскому рыцарству выбрать место для учреждения университета. План, выработанный дворянством, получил утверждение. В декабре 1800 г. последовал указ об учреждении университета в Митаве, но 12 марта 1801 г. император Павел скончался, а 12 апреля император Александр I повелел основать университет в Дерпте, «по причине положения оного в средоточии трех губерний: Рижской, Ревельской и Курляндской». До конца XIX века (1893) Дерптский университет был преимущественно немецким по национальному составу преподавателей и учащихся. В 1802—1893 гг. немецкий язык был основным языком преподавания, однако отсутствие его официального признания приводило к медленной, но постепенной эрозии немецкого языкового пространства (шпрахраума) в городе, университете и регионе в целом набиравшим популярность русским языком и отчасти — эстонским, преобладавшим в сельской местности вокруг университета.

Затем в университет вернулся русский язык: в 1836 решено усилить значение русского языка как предмета преподавания, в 1837 была учреждена должность лектора русского языка в университете. Вуз был переименован в Юрьевский университет (по имени древнерусского города Юрьева). К этому времени, в силу ассимиляционных процессов, значительная часть российских немцев, особенно преподавателей, уже достаточно хорошо владела русским языком и стала фактически двуязычной. Русский язык стал языком преподавания в 1892—1918 годах.

В 1918 году в результате германской интервенции из университета были насильственно изгнаны русские преподаватели и студенты. В связи с усиливающейся русофобией и Первой мировой войной преподавательский состав (состоящий в том числе и из российских немцев) был эвакуирован в Воронеж, где на его базе был сформирован Воронежский государственный университет.

В 1919 году, после ухода интервентов и становления независимости Эстонии, Тартуский университет был реорганизован в национальный университет с обучением на эстонском языке, хотя русскоязычная наука в нём продолжала развиваться.

Период особенно интенсивного развития русскоязычной науки в Тартуском университете, по понятным причинам, приходится на 1940—1990-е годы, когда Эстония входила в состав СССР.

В настоящее время преподавание в университете ведётся на эстонском и английском языках.

Известные учёные

Ректором университета до 1892 году был тайный советник профессор Оттомар Фридрихович Мейков, считавшийся большим авторитетом по римскому праву среди российских учёных.

В 1829—1845 годах в Дерптском университете преподавал известный немецкий и российский учёный в области сельского хозяйства, профессор Фридрих Шмальц.

В университете преподавал известный агроном, профессор Я. И. Ионсон, языковед-славист, профессор Н. К. Грунский.

В 1821—1853 годах профессором истории в университете был Фридрих Крузе.

В апреле 1836 года профессором Дерптского университета по кафедре хирургии был избран Н. И. Пирогов.

Выпускником университета являлся Юлий Фердинанд Иванович Мацон (1817—1885) — патолог и врач-терапевт, ординарный профессор на кафедре патологии и патологической анатомии Университета Святого Владимира, первый директор Александровской больницы (1875—1885), действительный статский советник.

В 1886—1896 годах профессором фармакологии и токсикологии на медицинском факультете был немецкий специалист Рудольф Коберт.

В 1871—1892 годах кафедру русской истории занимал профессор Александр Густавович Брикнер.

В 1913—1918 годах профессором-совместителем в университете состоял Е. В. Тарле.

Оствальд, Вильгельм Фридрих — известный немецкий химик (физико-химик) и философ, лауреат Нобелевской премии 1909 года.

Во второй половине XX века Тартуский университет получил мировую известность благодаря деятельности Ю. М. Лотмана и его Тартуской школы филологии, культурологии и семиотики.